1. Пролог
2. Идзуми-Сэтцу
3. Ямасиро
4. Оми
5. Ига
6. Харима
7. Ямато
8. Вакаса
9. Финал

Акэти Мицухидэ

1. Крестьянин, что станет правителем

Задача: Встретьтесь с госпожой Нэнэ.

После уничтожения большей части синбакуфу возвращаемся в Ямасиро к младшей сестре Оды. Он даст задание поддержать генерала Хидэёси у замка Сёрюдзи.

2. Свергнуть предателя

Задача: Встретьтесь с Хидэёси.

Его лагерь расположен в Ямасиро, в Ямадзаки, южнее деревни Оямадзаки. Направляемся в военный лагерь. Перед масштабной битвой предстоит в одиночку пробраться в штаб Мицухидэ.

Задача: Убейте Мицухидэ.

Управляя Наоэ, пробираемся по крышам замка Сёрюдзи. В главной башне нас встретит Акэти Мицухидэ — Двуличие. Он выпустит против нас трёх сильных воинов, а сам попытается скрыться.

Играя за Ясукэ, снаружи заметим убегающего босса, который скроется на лошади. Садимся на другую лошадь и преследуем его по полям. В соседнем поселении, в порту, он будет ждать корабль, но помощь не придёт. На берегу начнётся схватка.

Босс: Акэти Мицухидэ.

Противник в тяжёлой броне, атакует катаной и часто использует удары ногами, пытаясь ослепить песком. Уклоняемся от его красных атак, применяем специальные удары и навыки. Сначала сражаемся за Ясукэ, пока не сломаем броню. Затем переключаемся на Наоэ, чтобы лишить врага оставшегося здоровья.

После победы раскроется личность последней маски и содержимое шкатулки — Ясакани-но магатами, одна из императорских регалий. Акэти попросит позволить ему умереть как самураю. Убиваем его скрытым клинком.

Всадник

3. Лицо под маской

Задача: Убейте Асикагу Ёосиаки.

Он находится на севере региона Ямасиро, в храме Курамадэра. Мы встретим Асикагу с маской и красной шкатулкой — это бывший сёгун, которого ранее видели на трибунах во время турнира сумо.

Он попытается заключить сделку: предлагает свою жизнь в обмен на информацию о другом ассасине. Примем его предложение и узнаем местонахождение цели — Ямато, Сакафунэйси.

Асикага раскроет, что португальские торговцы и иезуиты связаны с тамплиерами, и Ясукэ осведомлён об этом. Бывший сёгун также даст подсказку, где искать Дуарте де Мелу.

Эпилог. Наоэ

4. Суть клинка

Задача: Доберитесь до руин Сакафунэйси.

В роли Наоэ отправляемся на поиски руин, расположенных в Ямато, в котловине Камней Асуки, к востоку от них. В лесу обнаружим большой камень с символом клинка. После медитации рядом с ним вспомним слова отца о встрече с матерью — оказывается, она была членом братства ассасинов, и хотя её считали погибшей, есть шанс, что она жива. Сыграв на окарине, откроем тайник под камнем.

Задача: Узнайте, что кроется в руинах.

В подземелье найдём флаг ассасинов и три алтаря, где ранее находились шкатулки. Оставим здесь первую отвоёванную шкатулку. Рядом обнаружим записку, оставленную матерью. Вскоре появится Хаттори Хандзо, принеся вторую шкатулку.

Задача: Следуйте за Хаттори Хандзо.

Поднявшись на поверхность, выслушаем признание Хандзо: он тоже любил Цую и из ревности выдал секреты ассасинов врагам, но позже раскаялся и пытался предупредить об опасности. Теперь мы попытаемся отомстить за смерть отца.

Босс: Хаттори Хандзо.

Противник использует дымовые бомбы, метательные сюрикены и атакует копьём. После победы договоримся совместно разыскать Цую.

Форпост ассасинов в Иге

Задача: Найдите зацепки в какусиба-икки.

Ищем в Иге, к югу от лесов Набари и юго-востоку от водопада Акамэ-Си. В лесу предстоит пройти Путь теней. В конце пути обнаружим лагерь и «Письмо от убитого, найденное в форпосте».

Форпост ассасинов в Ямато

Задача: Найдите зацепки в какусиба-икки.

Ищем в Ямато, к юго-западу от Кацураги, возле святилища Компира. Необходимо преодолеть Путь тайн. В здании наверху найдём «Письмо от Цую к Цубасе».

Форпост ассасинов в Оми

Задача: Найдите зацепки в какусиба-икки.

Ищем в Оми, к юго-западу от предгорий Судзуки, возле Пути клинка. Проходим испытание под названием Путь клинка. В награду получим «Письмо от Цую к Каэдэ».

Форпост ассасинов в Кии

Задача: Найдите зацепки в какусиба-икки.

Ищем в Кии, к востоку от троп Исэдзи, возле побережья. В юго-восточной части региона нужно подняться на гору, где начинается Путь избранника (его старт отмечен жёлтыми предметами на побережье).

Босс: Ямабуси на скале.

После победы заберём «Письмо новичкам от Киси».

Эпилог. Ясукэ

5. Тёмные волны, чёрные корабли

Задача: Найдите зацепки, ведущие к Дуарте де Мелу.

Играя за Ясукэ, отправляемся в Вакасу, в город Обама, к Торговому порту. Внутри здания находим записку «Указания по сигналу».

Задача: Зажгите сигнальные огни (0/3).

В порту необходимо активировать три сигнальных фонаря, расположенных в небольших башенках у берега.

Задача: Ждите на точке обзора.

Поднимаемся на возвышенность у берега и наблюдаем, как ночью к берегу причаливают лодки контрабандистов.

6. Меня зовут Ясукэ

Задача: Отыщите Дуарте де Мелу.

Уничтожаем португальцев на берегу — мечников в тяжёлой броне и стрелков с европейскими ружьями. Однако Дуарте среди них нет.

Задача: Расспросите лодочника.

Продвигаемся по тропе через пещеру, устраняем ещё один отряд португальцев и допрашиваем японца у лодки. Он соглашается доставить нас на корабль тамплиера Дуарте.

Босс: Дуарте де Мелу.

Противник атакует саблей и стреляет из пистолета. Уклоняемся от его красных ударов, используем особые приёмы и добиваем. После победы пытаемся выяснить информацию о Нуну Кару, но безуспешно.

7. Его путь

Задача: Поговорите с Луишем Фроишем.

Направляемся в Ямасиро, в южную часть Киото, в резиденцию иезуитов. Беседуем со священником из пролога, который рассказывает о происхождении тамплиеров в Италии. Выясняем, что обучением тамплиеров в этих землях занимается Кимура Кэй, а руководит орденом Нуну Кару — наш бывший хозяин.

8. Борьба за идею

Задача: Поговорите с ронином.

Ищем в Кии, в таверне деревни Такахара на дороге Накахэти. Встречаем ронина из войска Оды.

Задача: Найдите Кумабэ Удзийэ.

Он находится на севере Кии, в Коясан, вербуя бойцов на кладбище Окунойн. Двигаемся на север от таверны. Кумабэ завербует нас и приведёт к своему учителю.

Задача: Следуйте за Кумабэ Удзийэ.

На кладбище слушаем речь вербовщика, затем отправляемся на учебную площадку и дальше на юг.

Задача: Убейте Кимуру Кэя.

В огороженном храме Кимура Кэй выступает с балкона, узнаёт нас и приказывает ронинам убить нас. Уничтожаем рекрутов, затем пробиваемся через ещё одну группу врагов. После этого открывается дверь, из которой выходят три сильных противника. Пробираемся в здание, поднимаемся выше, выходим через окно и зачищаем верхний двор.

Босс: Кимура Кэй.

Самурай в броне с символом тамплиеров сражается двумя мечами. После победы так и не узнаём, где искать Нуну Кару.

Развязка

Позже нас приводит к Хосокава Тама — Серебряной госпоже, торгующей серебром с иноземцами. Она угощает нас отравленным чаем. Когда мы теряем сознание, из засады появляется Нуну Кару.

Оказывается, девушка — дочь Акэти Мицухидэ. Она хочет убить нас лично, но Нуну Кару оставляет нас наедине. Однако она не станет этого делать, а вместо этого попросит спасти её брата, Акэти Мицуёси, из плена в замке Камэяма.

После спасения брата встречаемся с ней в Святилище Атаго. Они готовятся покинуть страну, и девушка раскрывает местонахождение главного тамплиера.

Замок Такэда

В последней схватке вспоминаем, как Нуну Кару убил нашу мать на корабле. Нас он пощадил лишь потому, что на корабль напал ассасин, давший нам время спастись.

Уничтожаем охранников, затем убиваем самого Нуну Кару, сбрасывая его в окно. Перед смертью он слышит наше обещание уничтожить весь орден тамплиеров.